研究院目前建设了6个科研团队：

1、分子育种研究室：创建驴全基因组选择技术体系，加快新品种培育进程。负责人：王长法。

2、常规育种研究室：结合良种登记、体型评定、选种选配、生产性能测定、后裔测定等技术培育多脊椎数驴新品种。负责人：李玉华。

3、高效繁殖研究室：创建驴高效人工授精技术体系，提高母驴繁殖率。负责人：朱明霞。

4、营养研究室：开展育肥驴饲喂方式研究，从析因和微生物角度阐释饲喂方式影响育肥驴生长性能的机制。负责人：周苗苗。

5、加工研究室：主要开展影响驴肉品质影响因素与控制技术研究。负责人：刘桂芹。

6、疾病研究室：主要研究垂直传播的种源性疫病，包括其病原生态学、快速诊断技术和防治技术。负责人：刘文强。