驴研究院成立于2018年6月，以马驴为主要研究对象，已获批山东省特色畜禽种质资源创新与利用重点实验室、山东省生态环境保育与生物资源创新利用实验室、山东省黑毛驴高效繁育与健康养殖工程技术研究中心、山东省高等学校驴产业科技协同创新中心等4个省部级科研平台，拥有山东省唯一一个畜牧学高水平培育学科，是山东省现代驴产业技术体系首席专家单位。驴研究院现有教师36人，其中博士34人、教授5人、副教授17人。拥有国家“海外高层次人才”特聘专家1人，全国优秀教师1人，山东省本科教学指导委员会委员1人，泰山产业领军人才、泰山学者海外特聘专家、省现代农业产业技术体系首席专家等省级人才15人。驴研究团队被授予“山东省黄大年式教师团队”和“山东省脱贫攻坚先进集体”称号。近5年主持国家级及省部级科研项目40余项，经费3000余万元，获神农中华农业科技奖二等奖、山东省科技进步三等奖等奖励4项；授权国际和国内发明专利等15项，编写教材和著作8部，制定各级标准35项，发表论文120余篇，其中SCI收录50余篇。在品种选育与创新等领域取得重大原始创新，相关成果发表在《Nature Communications》等高水平杂志上，这是目前为止我国学者在马属动物研究上发表的最高水平论文。依托研究院组建的“现代驴产业服务团”成功入选2022年“科创中国”科技服务团。